Управление фондом осуществляют следующие органы:

Президент Фонда

Президент Фонда является единоличным исполнительным органом и одновременно возглавляет Президиум. Срок его полномочий — 5 лет. В его компетенцию входят оперативное руководство деятельностью Фонда, организация бухгалтерского и статистического учета, контроль исполнения решений Президиума, представление годового отчета, а также кадровые и административные вопросы. С февраля 2025 года должность Президента Фонда занимает Михаил Ростиславович Якимов.

Президиум 

Президиум Фонда является высшим коллегиальным органом Фонда и возглавляется председателем Президиума Фонда. Президиум Фонда при создании формируется учредителем, а впоследствии пополняется за счет кооптации новых членов. В его состав входят три члена, избираемые сроком на 5 лет. Деятельность Президиума осуществляется на общественных началах без выплаты вознаграждений.

Попечительский совет 

Попечительский совет является надзорным органом Фонда, возглавляемым председателем. При создании Фонда состав Попечительского совета определяется учредителем, в дальнейшем его формирование осуществляется Президиумом Фонда сроком на 5 лет. Деятельность совета осуществляется на общественных началах.